محمد بروجردی پس از شهادت شهید کاظمی و شهید گنجی‌زاده مستقیماً فرماندهی عملیات بسیار سخت و صعب‌العبور مسیر پیرانشهر و سردشت را به عهده گرفت و شجاعانه در کنار رزمندگان اسلام لرزه بر اندام ضدانقلابیون انداخت.
محمد با فعالیت های مخلصانه‌ای همه را مجذوب خود کرده بود. خبر شهادتش، تمامی رزمندگان مستقر در منطقه را آنچنان منقلب کرد که گویی پدر خویش را از دست داده‌اند.
شهید بروجردی که در حیات پربرکتش منشا بسیاری از خیرات بود با تقدیر الهی پس از عمری کوتاه ولی سراسر مبارزه و تلاش و محرومیت، با قلبی آکنده از عشق به اسلام و محرومان به شهادت رسید و خصلت های بی‌شماری همچون ساده‌زیستی، تحمل مشکلات، آگاهی و بصیرت، عشق به امام و ولایت، صلابت وقاطعیت در مقابل ضدانقلاب و ستمگران را برای رهروانش به یادگار گذاشت.
سرانجام محمد بروجردی اول خرداد 1362 در حالی که با عده‌ای دیگر از همرزمانش در مسیر جاده مهاباد، نقده حرکت می‌کردند بر اثر انفجار مین به آرزوی دیرینه‌اش رسید و به فوز عظیم شهادت نایل آمد.
در فرازی از وصیت‌نامه شهید آمده است:
این وصیت نامه رادر حالی می‌نویسم که فردایش عازم سنندج هستم. با توجه به اینکه چندین بار در عملیات شرکت کرده و ضرورت نوشتن وصیت‌نامه را حس کرده بودم ولی هم فرصت نداشتم و هم اهمیت نمی‌دادم ولی نمی‌دانم چرا حس کردم که صرفا اگر ننویسم گناهی مرتکب شده ام. لذا بدین وسیله وصیت نامه خود را در مورد خانواده و برادران آشنا می‌نویسم.
با توجه به اینکه حدودا شش سال وارد مبارزات سیاسی و نظامی شده ام و به همین خاطر نسبت به خانواده ام رسیدگی نکرده ام بخصوص همسر و فرزندانم و از همین وضع همیشه احساس ناراحتی می‌کردم و هیچ وقت هم نتوانستم خود را قانع کنم که مسئولیت را رها کنم و بدین‌وسیله از همه آنها معذرت می‌خواهم و طلب بخشش دارم از حقی که به گردن من داشته اند و نتوانستم این حق را ادا کنم ولی این اطمینان را به خانواده ام می‌دهم که هرگز از ذهن من خارج نشده اند و فکر نکنند که نسبت به انها بی‌تفاوت بوده‌ام ولی مسئولیتهایی سنگین تر بود. در خواستی که از همسرم دارم این است که فرزندام را خوب تربیت کند و آنها را نسبت به اسلام دلسوز بار آورد. اگر چه اموالی ندارم ولی آنجه هست فقط همسرم نسبت به مصرف کردن آن مسئولیت دارد.
درخواست دارم برادرانی اگر از من بد دیده‌اند درگذرند و یا اگر کسی را سراغ دارند که از من بد دیده به نزدش بروند و از او رضایت بگیرند. و دیگر اینکه مقاومت را فراموش نکنند که خداوند با صبر پیشه‌کنندگان است. در این شرایط تاریخی خداوند تبارک و تعالی بار سنگین انقلاب اسلامی را بر دوش ملت مسلمان ایران گذاشته است و ما را در آزمایشی عظیم قرارداده است. این را شهیدان بسیاری بخصوص در این چند سال اخیر به در و دیوار ایران نوشته‌اند و اگر مقاومت ما نباشد همان طور که امام فرمودند بیم آن می‌رود که زحمات شهداء به هدر رود و اگر چه آنها به سعادت رسیدند و این ما هستیم که آزمایش می‌شویم. دیگر اینکه با تجربه‌ای که ما از صدر اسلام داریم که به خاطر عدم آگاهی، مسلمین چطور از مسیر اسلام منحرف شده اند و این تجربه باید برای مسلمین درس عبرت باشد. با دقت کلمات این «روح خدا» را که خط او خط رسول خداست دقت کنند، وجود امام امروز برای ما معیار است راه او راه سعادت و انحراف از آن خسران دنیا و آخرت است.
من با تمام وجود این اعتقاد را دارم که شناخت و مبارزه با جریان‌هایی که بین مسلمین صدر به انحراف کشیدن انقلاب از خط اصیل و مکتبی آن را دارند، به مراتب حساس‌تر و سخت‌تر از مبارزه با رژیم صدام و آمریکاست و وصیتم به برادران این است که سعی کنند توده مردم که عاشق انقلاب هستند را از نظر اعتقادی و سیاسی آماده کنند که بتوانند نیروهای صادق انقلاب را شناسایی کنند و عناصری که جریانهای انحرافی دارند بشناسند که شناخت مردم در تداوم انقلاب حیاتی است.
